Seit der Umstrukturierung der Jugendabteilung gehören die Amateure des FC Bayern ebenfalls zum sogenannten junior team. „Unser Regionalliga-Team ist die Spitze unserer Jugendausbildung“, sagt der Leiter der Jugendausbildung Werner Kern. Seit Juli 2001 ist Herman Gerland, wie schon in der Zeit zwischen 1990 und 1995, als hauptverantwortlicher Coach im Verbund mit Gerd Müller für die FCB-Amateure zuständig. Als größte Erfolge galten bisher die Amateur-Vize-Meisterschaft 1983 und 1987, der Regionalliga-Aufstieg 1994 sowie das Erreichen des DFB-Pokal-Achtelfinals 1994/95 und Viertelfinals 1995/96. In der Saison 2003/2004 machten dann die Amateure ihr erstes Meisterstück. Sie dominierten die Regionalliga Süd von Beginn an und belegten letztlich hochverdient den ersten Platz.